Für die SEPA-Lastschrift gibt es zwei Verfahren: die SEPA-Basislastschrift (SEPA Core Direct Debit) sowie die SEPA-Firmenlastschrift (SEPA Business to Business Direct Debit), die ausschließlich für den Zahlungsverkehr mit Geschäftskunden vorgesehen ist. Das SEPA-Basislastschriftverfahren enthält zahlreiche Elemente des deutschen Einzugsermächtigungsverfahrens. Das SEPA-Firmenlastschriftverfahren hingegen berücksichtigt die Bedürfnisse von Geschäftskunden und ist dem heutigen Abbuchungsauftragsverfahren ähnlich.
Mit den SEPA-Lastschriftverfahren sind im einheitlichen Euro-Zahlungsverkehrsraum erstmals grenzüberschreitende Lastschriften möglich. Wer regelmäßige Zahlungen in ein Land im Euroraum entrichten muss, kann die fälligen Beträge nun von seinem Inlandszahlungskonto als SEPA-Lastschrift abbuchen lassen. Ab Februar 2014 löst die SEPA-Lastschrift die nationalen Lastschriftverfahren in den Euro-Ländern endgültig ab. Wie bei SEPA-Überweisungen werden für SEPA-Lastschriften grundsätzlich IBAN und BIC anstatt Kontonummer und Bankleitzahl benötigt.
